La Comuna de Hualaihué fue creada mediante Decreto Ley 2868, Art. 38-2 el 21 de Septiembre de 1979, pero administrativamente comenzó su funcionamiento el 10 de Diciembre de 1980, fecha en que entró en vigencia el Decreto Supremo N° 1405 promulgado el día 28 de Noviembre de 1980, con el que se designó al primer alcalde.
Hualaihué, que en su lengua nativa significa Lugar de Aves Acuáticas, pertenece a la Provincia de Palena, compuesta además por las comunas de Chaitén, Futaleufú y Palena.
Hualaihué limita al norte con la Comuna de Cochamó y Puerto Montt, separada de ésta por el Estuario de Reloncaví; al sur con la Comuna de Chaitén, separada de ésta por el Cordón de los Cerros Elevados, al oeste con la Provincia de Chiloé, separada de ésta por el Golfo de Ancud y al este con la Cordillera de Los Andes.
Cuenta con una superficie de 2.787,7 Kms. cuadrados y una población de aproximadamente 8.500 habitantes, con una densidad de 3,0 habitantes por Km cuadrado.
De acuerdo a antecedentes históricos, se tiene conocimiento que desde el siglo XVIII los chilotes recorren estas regiones en busca del alerce, que con el tiempo se transforma en la principal actividad económica de Chiloé. Se establecen aquí campamentos temporales para las faenas que se realizaban entre los meses de septiembre y mayo. Cada vez con mayor frecuencia, comienzan a llegar vecinos de Chacao, Calbuco y Carelmapu.
En el siglo XVIII esta zona dependía administrativamente de Chiloé: era el límite oriental de esta provincia que limitaba al Norte con Valdivia y al sur con el Cabo de Hornos. En el Período Republicano fue creada la Provincia de Llanquihue. En 1861, Hualaihué pasó a depender de ésta.
Es por esto que Chiloé y su gente están ligadas a la historia de esta zona. Calbuco es el primer punto de recalada o de unión entre Chiloé y la Cordillera del Este. Hualaihué formaba, en el Período Republicano, la cuarta subdelegación del Departamento de Carelmapu, cuya capital era Calbuco.
Hacia finales del siglo XVIII y principios del XIX ya ha empezado el asentamiento estable en la región. Lleguimán, Aulen, Rolecha, Hualaihué y Hornopirén lentamente son colonizados por chilotes y calbucanos.
En 1931, durante el Gobierno de Carlos Ibáñez del Campo, se dictó la Ley N° 1.600 sobre la Constitución de la Propiedad Austral. Esta ley señalaba que todas las personas que tuvieran títulos de dominio sobre tierras comprendidas al sur del Malleco hasta el norte de la Provincia de Magallanes, siempre que no fueran tierras indígenas, deberían solicitar al Presidente de la República el reconocimiento de la validez de sus títulos.
Esta ley significó en esta zona que muchas tierras fueron declaradas fiscales ante el desconocimiento de ella o por la imposibilidad de sus habitantes de realizar los trámites necesarios. Pero también permitió que se les entregara tierras a nuevos colonos que iban llegando.